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CLIP-seq


测序简介

CLIP- Seq,即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and highthroughputsequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

最近几年,这项技术也被应用到miRNA靶标鉴定等工作中。在动物体内,成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC),结合于靶mRNA的3"-UTR 区,阻止所结合的mRNA的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理,我们可以通过CLIPSeq技术来进行miRNA靶基因的筛选。CLIP-Seq方法的应用能够非常明显地降低miRNA结合位点的假阳性预测频率,并且减小miRNA结合位点搜寻空间的范围,可以在全基因组范围内鉴定AGO2蛋白在不同RNA上的结合位点。

RIP-Seq和CLIP-Seq的区别在于,RIP不进行紫外交联,直接进行后续的免疫共沉淀。

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